秸秆这种物料在粉碎加工的时候会产生很大的粉尘，如果不加以防范的话会造成严重的污染问题，对设备和粉碎效果也是不利的。正因为如此，在秸秆可再生利用前的粉碎工序中采取防尘除尘措施是非常有必要的，可以从两方面进行。

一方面的防尘措施是针对秸秆颗粒机而言的，还有一方面是针对其配套设计的，为了达到防尘的目的，尽量采用除尘效率高的湿秸秆。当不具备湿秸秆条件时，可采用干式捕尘滤尘粉碎，而干式捕尘滤尘分为在秸秆粉碎机的出料口以捕尘装置分离灰尘后在过滤灰尘两种形式，可用旋风除尘加布袋除尘组合方式净化含尘空气。
不仅如此，在秸秆装运过程中也要重视防尘工作，可采用喷雾洒水、密闭抽风等措施防止粉尘散发，以此减少污染。